Các hòn đảo chính Sumatra, Java, Madura, và Kalimantan nằm trên mảng Sunda và các nhà địa lý đã thông thường nhóm chúng lại, (cùng với Sulawesi), thành Quần đảo Sunda Lớn. Ở Indonesia cực đông là miền tây New Guinea, nằm trên mảng Úc. Độ sâu của biển trong mảng Sunda và kè Sahul là trung bình 300 mét (984 ft) hoặc ít hơn. Giữa hai kệ là Sulawesi, Nusa Tenggara (cũng được biết đến như là quần đảo Sunda Nhỏ), và quần đảo Maluku (hoặc Moluccas), tạo thành một nhóm đảo thứ hai, với vùng biển xung quanh sâu tới 4.500 mét (14.764 ft). Thuật ngữ "các đảo bên ngoài" được các nhà văn sử dụng không nhất quán nhưng thuật ngữ thường được dùng để có nghĩa là những hòn đảo không phải là Java và Madura.

Sulawesi là một hòn đảo nằm trên ba mảng tách rời: mảng Banda, mảng Molucca và mảng Sunda. Hoạt động địa chấn và núi lửa cao ở phần phía đông bắc của nó, chứng minh bằng sự hình thành của núi lửa ở Bắc Sulawesi, và các cung đảo, như Sangihe và Đảo Talaud, phía tây nam của các rãnh Philippines.[9][10][11]

Đảo Nusa Tenggara hoặc Quần đảo Sunda nhỏ bao gồm hai dải đảo kéo dài về phía đông từ Bali đến phía Nam Maluku. Các vòng cung bên trong của Nusa Tenggara là sự tiếp nối của vành đai Anpơ gồm các dãy núi và núi lửa kéo dài từ Sumatra qua Java, Bali, và Flores, và kéo theo tới quần đảo Banda núi lửa, cùng với quần đảo Kai và quần đảo Tanimbar và các đảo nhỏ khác trong Biển Banda là những ví dụ điển hình của hỗn hợp Wallacea của cây trồng và cuộc sống động vật ở châu Á và Australasia.[12] Vòng ngoài của Nusa Tenggara là sự mở rộng về mặt địa lý của chuỗi các hòn đảo phía tây Sumatra bao gồm Nias, Mentawai và Enggano. Chuỗi này tái hiện ở Nusa Tenggara trong các hòn đảo núi đá vôi của Sumba và Timor.

Quần đảo Maluku (hoặc Moluccas) là địa chất trong số các quần đảo phức tạp nhất của Inđônêxia, bao gồm bốn lớp kiến tạo mảng khác nhau. Chúng nằm ở khu vực phía đông bắc của quần đảo, bao bọc bởi biển Philippine ở phía bắc, Papua về phía đông, và Nusa Tenggara về phía tây nam. Các đảo lớn nhất bao gồm Halmahera, Seram và Buru, tất cả đều trồi lên từ những vùng biển sâu và có nền thực vật Wallacea độc đáo.[13] Mô hình thay đổi đột ngột từ biển đến núi cao này có nghĩa là có rất ít đồng bằng ven biển. Về phía Nam là Biển Banda. Sự hội tụ giữa Biển Banda và mảng Úc đã tạo ra một chuỗi các hòn đảo núi lửa được gọi là vòng cung Banda.[14][15] Biển cũng chứa Weber Deep, một trong những điểm sâu nhất ở Indonesia.[16][17]

Các nhà địa mạo học tin rằng đảo New Guinea là một phần của lục địa Úc, cả hai cùng nằm trên tấm Shah và đã từng dính vào nhau thông qua một dải đất trong suốt thời kỳ băng hà cuối cùng.[18][19] Chuyển động kiến tạo của mảng Úc tạo ra các đỉnh núi tuyết phủ cao, nằm trên cao nguyên phía tây đảo và các đồng bằng phù sa nóng, ẩm ướt dọc theo bờ biển.[20] Cao nguyên New Guinea trải dài khoảng 650 km (404 dặm) về hướng tây dọc theo hòn đảo, tạo thành một cột sống núi giữa phần phía bắc và phía nam của hòn đảo. Do phong trào kiến tạo của nó, New Guinea đã trải qua nhiều trận động đất và sóng thần, đặc biệt là ở phía bắc và phía tây.[21][22]